司法实践中行政合同诉讼存在两个方面的困境：一、客观上没有纳入行政诉讼范围《行政诉讼法》在制定之时并没有将行政合同作为单列的一项可诉行为。主要原因是行政法学界对于行政合同的内涵、外延、法律性质等基本理论没有形成一致的看法。行政合同的法律性质是行政行为还是行政管理形式，行政合同是单方行政行为还是双方行为，行政合同是私法契约还是公法契约，尚无定论。1991年最高法院出台的《行政诉讼法》的司法解释将具体行政行为界定为行政机关依职权作出的单方行政行为，更是明确将行政合同排除在行政诉讼的范围之外。理论上的不完备导致法律上对行政合同的不认可，行政合同诉讼一直游离在行政诉讼大门之外。当然行政合同作为新兴的行政管理形式，其自身的制度优势必然随着其在实践中的运用而日益得到体现，这也必然会引起理论和实务界对行政合同的重新关注。最高人民法院1999年颁布的《行政诉讼法》的司法解释明确将行政诉讼的受案范围界定为行政行为，对行政诉讼受案范围进行扩大性解释，意图在不破坏原有诉讼结构模式的基础上将行政合同纳入行政诉讼的范围。然而这种解释只局限在准入门槛，对于更为重要的规则设计却没有给予关注。这种模糊的诉讼准入规定，实际上并不能给予权利人足够的保障。实践中，法院因为没有行政合同诉讼的具体审理规则，在主观上必然回避行政合同诉讼。造成这种现象的原因并不是行政合同纠纷在实践中没有发生，而是理论、立法和司法的混乱，法律规定的模糊，使得行政合同诉讼处于一种游离的状态。